Bác làm bên vật liệu à?
Trích:
|
Bài toán mình cân giải là tối ưu hóa cấu trúc hình học của complex bao gồm 1 monomer và 1 molecule, tổng cộng khoảng 100 atoms.
|
Bộ hàm B3LYP là thuộc loại dễ hội tụ nhất rồi. Ý bác là một polimer với 1 molecule? Có thuộc nhóm đối xứng nào khác c1 không? Chắc là không nhỉ! Nếu vậy thì cũng sẽ chạy lâu hơn cấu trúc đối xứng. Với những cấu trúc bất đối xứng, em thường chạy nhiều step, từ nhỏ nhất trở đi, tình hình có vẻ nhanh và ít lỗi hội tụ & lỗi bộ nhớ hơn.
Trích:
|
Mình chạy với B3LYP/6-31g(d) opt mà không set %nproc hay %mem gì cả thì nó ngốn mình hết gần 10 ngày.
|
Không set %nproc & %mem thì hệ thống hiểu %nproc=1, %mem sử dụng đến mức tối đa.
Con Core quad 2.83 GHz, RAM 3GB của bác thì cũng mạnh nhưng vừa phải thôi. Vậy nên, chạy với gần 100 atoms thì lâu vậy cũng đúng (em lại nghĩ phải lâu hơn).
Em hồi làm hấp phụ bề mặt đã từng chạy hệ gần 70 nguyên tử thôi (đối xứng), dùng B3LYP/6-311+g(d,p) và đã mất hơn 7 ngày. Máy của em là core i7, ram 8gb, 4 x 1.60GHz. Em dùng %nproc=2, %mem=7000MB. Bác thấy đấy, tăng %nproc lên gấp đôi không có nghĩa là tốc độ tăng gấp đôi. Cơ chế cụ thể em cũng chưa rõ, đang nghiên cứu và cũng đang lập mấy cái biểu bảng theo dõi về vấn đề này.
Vấn đề là bác muốn tăng tốc độ lên, đúng không ạ?
Bây giờ, nếu %nproc#1 thì phải set %mem. Ram ban đầu 3gb, trừ khoảng 500mb cho các chương trình khác, còn lại 2,5gb. Với dung lượng ram hiện có và hệ thống tính toán như vậy, nếu tăng %nproc lên bằng 2 thôi thì em nghĩ cũng sẽ bị lỗi ngay.
Đối với hệ của bác, với mức lý thuyết như vậy, em đoán khoảng 3000-4000 basis functions, nghĩa là rất lớn. Bây giờ nhanh hay chậm phụ thuộc vào số optimization cycles (n). Nếu thiết kế ban đầu của bác càng gần với cấu trúc tối ưu thì n sẽ càng bé, như vậy thời gian tối ưu sẽ giảm xuống. Do vậy, em khuyên bác:
1. Nên chạy nhiều mức, với step đầu ở mức thấp (nếu bác đã mức cao hơn mà bị lỗi) để dự đoán hình học gần đúng trước, các step sau bác sử dụng hình học đó để tối ưu tiếp (cấu trúc câu lệnh chắc bác đã nắm được rồi nhỉ?).
2. Nếu muốn tăng %nproc lên để thử nghiệm thì thay %nproc bằng %nprocs - bộ nhớ chia sẻ (shared memory), và chỉ nên tăng lên bằng 2 thôi.
3. %mem sử dụng tối đa. Nếu có vài cái USB thì format trước sau đó cắm hết vào máy, sử dụng phần mềm
Eboostr, bản
crack tải trên mạng về cài đặt để tạo bộ nhớ đệm. Điều này sẽ làm tăng tốc độ khá đáng kể ngoài việc giảm lỗi thiếu bộ nhớ trong quá trình chạy.
4. Nếu bác định tính tần số (freq) sau khi tối ưu (opt) thì em khuyên nên giảm mức lý thuyết xuống một tẹo, HF chẳng hạn, nếu không nhất thiết phải sử dụng lý thuyết DFT; DFT theo em biết dễ hội tụ nhưng cho hình học không tốt bằng HF. Em đoán nếu bác tính tần số với mức lý thuyết đó, hệ thống đó thì sẽ sinh lỗi. Đoán thôi, hi hi.
Chỉ có thể đưa ra vài điều chia sẻ mang tính chất tham khảo như vậy thôi.
Chúc bác may mắn,
Thân!
Threaded Mode
